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中科院XX研究所高性能计算项目

发布者: 发布时间:2015-01-30 01:48 浏览次数:1748

中科院XX研究所高性能计算项目

系统技术方案

集群规划拓扑如下:

 

此方案中,我公司通过提供的计算集群系统帮助客户解决,大量基因数据运算的需求,大大缩短了计算时间。其中的系统配置情况:登陆节点和管理节点由2HP ProLiant DL380机架式服务器构成;计算节点采用混合式搭建方案,:包含1个高密度GPU计算节点HP SL39080个高密度刀片式服务器HP BL460(瘦节点)、2个高性能刀片式服务器BL680(胖节点);I/O节点由3HP ProLiant DL380机架式服务器构成;登陆/管理节点、计算节点和I/O节点通过10Gb/s 万兆高速互联网络交换数据和存储数据;3I/O节点可以通过高速光纤网络连接至用户的存储系统来存储海量的计算结果;应用服务器等也可以通过高速网络直接连接至用户的网络系统。

系统技术指标

本次方案中,集群计算主体采用40 HP BL460高密度刀片式服务器作为瘦节点,每台瘦节点配置2Intel Xeon Intel Xeon E5-2680v3 主频2.5GHz /12-core/ 30MB缓存/120W48GB DDR3内存,2500GB SATA硬盘;同时集群还包含1HP SL390高密度服务器做为GPU计算节点,每台GPU计算节点配置2Intel Xeon X5650 六核CPU(2.66GHz/6-core/12MB/95W)3NVIDIA Tesla M2070 GPU488/6GB Cache)计算模块,48GB DDR3内存,同时配置2300GB SAS硬盘做RAID1;整套集群(不包含登陆/管理和IO节点)提供170个物理CPUGPU节点2个,瘦节点160个),1036个物理CPU核心GPU节点12个,瘦节点960个),3Tesla M2070 GPU计算模块,1344GPU计算核心系统总的双精度浮点峰值理论性能为: GPU计算理论峰值=515GFlops*3=1.545 Tflops (计算公式单个GPU双精度浮点计算值 * GPU数量)即每秒近1.545万亿次的双精度浮点计算能力; CPU计算理论峰值=80*2*12*2.4*16+2*4*8*2*4+1*2*6*2.66*4=38.4+0.512+0.12768=39.058Tflops(计算公式CPU主频 * CPU每个时钟周期执行指令数Intel4 * 系统总CPU核数),即每秒近11万亿次的双精度浮点计算能力;系统总的内存容量为96GB*40+512*2+48*1=4912GB=4.912TB;集群所有的节点(登陆/管理/计算/IO)全部配置10Gb/s万兆以太网卡,接入用户核心网络交换机,端到端网络延迟1.5 μs

集群系统硬件部分构成:

·         计算节点:40HP BL460高密度刀片服务器(放置在3C7000 10U刀片机箱内);1HP SL390高密度服务器(放置在1HP SL6500 4U机箱内)

·         管理和作业提交节点:3HP DL380 2U机架式服务器

·         IO节点:3HP DL380 2U机架式服务器

·         计算网络:10Gb 万兆高速以太网络

·         管理网络:全万兆高速以太网络

·         监控网络:百兆以太网

·         控制系统:基于HP iLO技术的全数字KVM+模拟KVM+系统监控管理解决方案

·         基础设施:HP机柜、供电模块、系统布线、线缆插座和相关附件

 

集群系统软件部分构成:

 ·        集群操作系统:Redhat Enterprise Linux

·         集群监控管理软件:高性能集群管理系统、高性能自动部署系统、高性能监控系统

·         集群作业调度管理软件:高性能作业调度系统

·         集群计算环境/编译器及数学库:MPICH, Intel MPI/Intel C,C++, Fortran编译器/intel MKLNvidia CUDA

·         集群文件系统:高性能并行文件系统

 

 

 

 

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